בדרך כלל יש לאחסן ספינות תחתונים במקום יבש וקריר, הרחק מאור שמש ישיר וסביבות לחות. מומלץ להניח ספינות תחתונים בשקיות אריזה אטומות כדי למנוע זיהום באמצעות אוויר, אבק וחיידקים. יחד עם זאת, בעת אחסון ספינות תחתונים, הקפידו להימנע ממגע עם קוסמטיקה, תרופות ופריטים אחרים כדי להימנע מתגובות כימיות המשפיעות על חיי המדף.
אם ספינות התחתונים לחו או מאוחסנות זמן רב מדי, הם יתדרדרו ויהיו מזוהמים גם אם הם לא נפרקים. ספינות תחתונים מעוקרות על ידי חיטוי טמפרטורה גבוה {}}}. אחרי הכל, תקופת התוקף של - חיטוי זמן ועיקור מוגבלים. אם חריגה מתקופת התוקף, אין ערובה לסטריליות. לכן, בעת שימוש בספינות תחתונים, שימו לב לתקופת התוקף, אל תקנו יותר מדי בפעם אחת ואל תאחסנו אותם במשך זמן רב. לאחר הפירוק, יש להציב את ספינות התחתונים בסביבה יבשה, נקייה וסטרילית, ואין להשתמש בהן לאחר שהן לחו או שפג תוקפו.
